Има два основни аргумента, които подкрепят идеята за съществуване на Комисия по досиетата: морален и прагматичен. Един без друг тези два аргумента губят силата си.
Моралният аргумент се свежда до необходимостта от морално пречистване на обществото. Разкриването и оповестяването на сътрудниците на бившата ДС се третира като акт с възпитателно значение, с който се изобличават и осъждат неприемливите от гледна точка на здравия разум и морала практики на комунистическия репресивен режим. Сама по себе си тази гледна точка е основателна, но по своя статут Комисията по досиетата не е подходящ инструмент за този вид обществен катарзис. Тя не се занимава с морала на хората, а само установява тяхната формална съпричастност към дейността на бившата ДС. Информацията, която комисията дава, е съществено недостатъчна, за да се каже дали дейността на съответните щатни или нещатни сътрудници на ДС е била морално укорима.
Там е работата, че дори т.нар. доносници на ДС са разнородна съвкупност, която включва хора с различни мотиви и морал. Този въпрос е обстойно разгледан в документалната книга на Веселин Бранев „Следеният човек”. Същото до известна степен важи и за кадровите офицери. Силен аргумент в това отношение ни дава филмът на фон Доренсмарк „Животът на другите”, фокусиран върху морала на един офицер от ЩАЗИ.
За да се даде морална оценка на един бивш сътрудник на ДС, нужно е да се знаят много неща и преди всичко какво точно е вършил въпросният човек в тази си битност. Без тази конкретна информация подобна оценка е невъзможна.
Причината за крайно ограничените функции на Комисията по досиетата е обективна: една значителна част от документите на бившата ДС бяха унищожени още в началото на прехода. Така за някои от сътрудниците на ДС не се знае нищо друго освен това, че в даден период са били водени на отчет от съответния кадрови офицер. Това обстоятелство даде повод на мнозина видни артисти и интелектуалци (режисьорът Людмил Стайков, диригентът Методи Матакиев и др.) да оспорват решенията на комисията и да твърдят, че фактически нямат нищо общо с ДС. Законът е така извъртян, че решенията на Комисията са съдебно „непоклатими”, но истината е, че без собственоръчно подписана декларация за сътрудничество тези решения си остават съмнителни. Говори се, че през последните години на социализма някои от щатните сътрудници на ДС, притискани от своите началници, са „раздували” отчетите за работата си, попълвайки картотеката с имена на „фалшиви” сътрудници. Никой до този момент не е опровергал убедително тази хипотеза.
Прагматичните съображения, с които може да се поддържа Комисията по досиетата, са свързани с осъществяването на лустрация. У нас тази идея за добро или лошо беше загърбена от политическата класа. Някога аз мислех, че това е грешка, но сега разбирам, че не е морално да забраниш на един човек да заеме определена държавна длъжност, ако не знаеш какво точно е правил той в качеството си на сътрудник на ДС. В какво се състои например вината на един човек, който е работил за техническо разузнаване?
Резултатът на отказа от идеята за лустрацията днес е, че във всички държавни структури (парламент, правителство, местна власт) и научни институции (университети, институти на БАН) има хора на ръководни длъжности, чиято съпричастност към дейността на бившата ДС е установена от Комисията по досиетата. Това довежда до абсурд самата идея за моралната присъда над бившите сътрудници на ДС. Ако един действащ министър, депутат или академик има досие, огласено от Комисията, как може да се аргументира тезата, че сътрудничеството на ДС е нещо лошо, т.е. морално укоримо? Това е causa perduta.
В България моралните аргументи никога не са били на почит. Преди години Иван Костов издигна тезата, че досиетата трябва да бъдат отворени не по морални, а по прагматични съображения: ако един човек е тайно свързан с някогашната ДС, той може да бъде изнудван и манипулиран от своите бивши началници. Ето защо тайните връзки на хората с ДС трябва да станат явни. Този аргумент някога ми изглеждаше смислен, но днес звучи несериозно. Във всеки случай той не оправдава съществуването на Комисията по досиетата.
В заключение може да се каже, че във вида, в който съществува, т. нар. Комисия по досиетата е излишна и би следвало да се закрие. Статутът на структурата, която ще бъде неин приемник, е въпрос от изключителната компетентност на архивистите.